R Lab
Rotinas em R para ecologia, dendrologia e espectroscopia
O R Lab reúne rotinas em R comentadas e reprodutíveis, usadas nas disciplinas e nas pesquisas do LEDT. Cada rotina tem explicação passo a passo, código para copiar e o script .R para baixar.
Começando agora? Veja primeiro a rotina Primeiros passos no R.
Todos os scripts também estão no GitHub: github.com/ledtufam.
Programas para baixar
Ferramentas publicadas
Scripts do LEDT publicados com DOI, prontos para baixar e citar.
Critério B da Lista Vermelha da IUCN com ConR
Script em R e dados de exemplo para calcular os parâmetros espaciais do Critério B da IUCN com o pacote ConR: extensão de ocorrência (EOO, polígono convexo mínimo), área de ocupação (AOO, grade de 2 × 2 km), número de localizações (grade de 10 km), raio de dispersão para delimitar subpopulações, número de subpopulações e grau de fragmentação severa.
Vasconcelos, C.C. (2026). R script and example data to calculate IUCN Red List Criterion B spatial parameters using ConR (v1.0.0). Zenodo.
Baixar no Zenodo DOI: 10.5281/zenodo.22822017
Usado em: Cunha et al. (2026), Plant Ecology and Evolution 159(2): 444–459. A classificação final de ameaça deve seguir as diretrizes oficiais da IUCN.
ISC Reader App
Aplicativo web para importar, visualizar e exportar como uma única matriz os arquivos brutos (reflectância ou absorbância) do espectrômetro portátil NIR-S-G1. Desenvolvido no projeto SPECTRA POP por Caroline C. Vasconcelos, Kaio C. M. Cunha e Flávia M. Durgante.
Rotinas
As rotinas podem ser usadas livremente em aulas e pesquisas, citando o LEDT/UFAM. Encontrou um erro ou quer sugerir uma rotina? Escreva para nós pela página de Contato.
| Rotina | O que faz | Tema |
|---|---|---|
| Primeiros passos no R | Instalar R, RStudio e Rtools, criar um projeto, instalar pacotes e importar uma planilha. | Iniciante |
| Padrão espacial: índices de agregação e distribuições de probabilidade | Índices de MacGuinnes, Fracker e Brischle, Payandeh, não aleatorizado, Hazen e Morisita, e ajuste das distribuições de Poisson e binomial negativa. | Fitossociologia, Ecologia |
| Parâmetros fitossociológicos e estrutura | Densidade, frequência, dominância, IVI e IVC por caixetal, e distribuição de diâmetros e alturas, com os dados abertos caixeta. | Fitossociologia, Ecologia |
| Associação entre espécies e similaridade entre áreas | Tabelas 2 × 2, teste qui-quadrado e exato de Fisher para associação entre espécies; índices de Jaccard, Sørensen e Bray-Curtis e dendrograma de similaridade, com os dados abertos caixeta. | Fitossociologia, Ecologia |
| Índices de heterogeneidade: Shannon, Simpson e Pielou | Riqueza, índices de Shannon e Simpson, equabilidade de Pielou, números de Hill e teste t de Hutcheson para comparar os caixetais, com os dados abertos caixeta. | Fitossociologia, Diversidade |
| Diversidade da vegetação: rarefação, estimadores e diversidade beta | Curva do coletor, rarefação, estimadores de riqueza (Chao 1, Jackknife) e partição da diversidade em alfa, beta e gama, com os dados abertos caixeta. | Fitossociologia, Diversidade |
| Espectros NIR: do arquivo bruto à discriminação de espécies | Fluxo do curso Herbarium Spectroscopy with MicroNIR: gerar a matriz no ISC Reader App, ajustar e recortar os comprimentos de onda, remover leituras problemáticas, calcular médias por exsicata e discriminar espécies de Handroanthus com LDA e validação leave-one-out. | Espectroscopia NIR, Taxonomia |
| Mapa de ocorrências a partir do GBIF | Baixar registros de uma espécie no GBIF, limpar coordenadas problemáticas e fazer um mapa interativo. | Herbários e biodiversidade, Mapas |
| Padronização de nomes científicos | Organizar a lista de espécies de um levantamento florístico, contar famílias, gêneros, espécies, cf., aff. e indeterminadas, e validar os nomes no TNRS (WFO e WCVP) e na Flora e Funga do Brasil. | Taxonomia, Dendrologia |
| Padronização de nomes no Excel (Plantminer + Flora e Funga) | A mesma validação de nomes científicos, sem programar: lista no Excel, conferência no Plantminer e resolução dos problemas na Flora e Funga do Brasil. | Taxonomia, Dendrologia, Excel |
| Calendários fenológicos a partir de exsicatas (FenoTree) | Atividade prática de Dendrologia Tropical: comparar o calendário de floração e frutificação de até três árvores amazônicas de importância comercial com registros de herbário do speciesLink, usando o FenoTree. | Fenologia, Dendrologia, Herbários e biodiversidade |