Padronização de nomes no Excel (Plantminer + Flora e Funga)
Nível: iniciante · Programas: Excel (ou LibreOffice Calc) e navegador · Disciplina: FGD921 - Dendrologia Tropical · Baixar a planilha modelo · Versão em R desta rotina
Este tutorial faz, no Excel, o mesmo que a rotina em R: organizar a lista → conferir os nomes numa base de referência → resolver os problemas → fechar a lista padronizada. Usamos duas ferramentas on-line e gratuitas:
- Plantminer: confere uma lista inteira de uma vez na base da Flora e Funga do Brasil, corrige erros de grafia e troca sinônimos pelo nome aceito;
- Flora e Funga do Brasil: a referência oficial para a flora brasileira. É nela que resolvemos, um a um, os nomes que o Plantminer não conseguiu resolver.
O Plantminer trabalha com uma cópia da Flora e Funga do Brasil (atualizada em 17/01/2024). Ele é ótimo para a triagem, mas a palavra final é da Flora e Funga on-line, que é atualizada continuamente.
O fluxo
| Etapa | Onde | O que sai |
|---|---|---|
| 1 | Excel | lista limpa, só com o que pode ser conferido |
| 2 | Plantminer | um arquivo com o nome atual de cada táxon e uma nota sobre o que mudou |
| 3 | Excel | o resultado do Plantminer ao lado da lista original |
| 4 | Excel | cada nome classificado: OK, grafia corrigida, sinônimo, não encontrado… |
| 5 | Flora e Funga | a decisão para cada nome com problema |
| 6 | Excel | a lista padronizada e as respostas da prática |
1. Prepare a lista no Excel
Abra a planilha modelo. Ela já traz a lista de 240 táxons de Oliveira & Amaral (2004), adaptada para a prática (a mesma da rotina em R), na aba 1_lista. As colunas verdes são fórmulas: não apague.
Cole os seus dados nas colunas A a E da aba 1_lista (família, nome, rank, status, hábito) e arraste as fórmulas das colunas F e G até o fim da lista. Nas abas 3_resultado e 4_resumo, arraste as fórmulas até o mesmo número de linhas.
Dois cuidados antes de enviar os nomes:
Espaços sobrando. Nomes digitados à mão costumam ter espaços invisíveis no início ou no fim ("Astronium "). Para o Excel e para o Plantminer, "Astronium " e "Astronium" são nomes diferentes. A coluna nome_limpo resolve isso com a função ARRUMAR (em inglês, TRIM), que tira os espaços do início, do fim e os espaços duplos:
=ARRUMAR(B2)
cf. e aff. Esses termos indicam dúvida na identificação e não fazem parte do nome. Para conferir Protium cf. carnosum, enviamos Protium carnosum. A coluna nome_busca tira o cf. e o aff. com a função SUBSTITUIR (SUBSTITUTE). Para os táxons identificados só até gênero ou família, ela guarda apenas o gênero (ou a família); as indeterminadas ficam de fora.
=SE(C2="indeterminada";"";SE(C2="espécie";ARRUMAR(SUBSTITUIR(SUBSTITUIR(F2;" cf. ";" ");" aff. ";" "));F2))
O cf. e o aff. continuam registrados na coluna status da lista original. Na lista final do trabalho, eles voltam para o nome (por exemplo, Protium cf. carnosum Swart).
2. Confira os nomes no Plantminer
- No Excel, selecione a coluna
nome_busca(de G2 até G241, sem o cabeçalho) e copie (Ctrl+C). - Abra o Plantminer. No menu à esquerda, deixe selecionado Brazilian Flora 2020.
- Em 1. Name options, deixe marcados Replace synonyms (trocar sinônimos pelo nome aceito) e Correct misspelled names (corrigir erros de grafia). Mantenha o grau de conservadorismo em 0.9: valores menores aceitam sugestões mais distantes e podem errar.
- Em 2. Life form & more, marque Life form, Occurrence, Establishment e Domain.
- Em 3. Paste your taxa, apague os nomes de exemplo, cole a sua lista (Ctrl+V) e clique em Process list. Com 240 nomes, leva alguns segundos.
- O resultado aparece em 4. Processed taxa. Em 5. Download, clique em Semicolon-delimited (separado por ponto e vírgula, o formato que o Excel em português abre melhor).
Envie os nomes sem autor. Com autor (Pouteria guianensis Aubl.), o Plantminer não encontra o nome, a menos que você marque Remove authors, que é bem mais lento.
3. Traga o resultado para o Excel
Se você abrir o arquivo baixado com dois cliques, os acentos podem aparecer errados (Ãrvore em vez de Árvore). Para evitar isso, importe o arquivo:
- Na planilha modelo, vá à aba
2_plantminere apague o conteúdo dela. - Menu Dados → Obter Dados → De Arquivo → De Texto/CSV e escolha o arquivo baixado.
- Na janela de visualização, confira: Origem do arquivo = 65001: Unicode (UTF-8) e Delimitador = Ponto e vírgula.
- Clique na setinha ao lado de Carregar → Carregar para… → Tabela em Planilha existente, célula
=$A$1da aba2_plantminer.
No LibreOffice Calc, basta abrir o arquivo e escolher UTF-8 e ponto e vírgula na janela de importação; depois copie tudo e cole na célula A1 da aba 2_plantminer.
A aba 3_resultado busca sozinha, para cada nome da lista, a linha correspondente do Plantminer (pela coluna original.search, que guarda o nome que você enviou). Isso é feito com ÍNDICE e CORRESP (INDEX e MATCH), que funcionam como um PROCV mais flexível: não importa em que ordem as colunas do Plantminer vieram.
4. Leia o resultado
As colunas mais importantes do Plantminer:
| Coluna | O que significa |
|---|---|
scientific.name |
nome aceito com autor |
search.str |
nome aceito sem autor (é o que vai para a lista) |
family |
família segundo a Flora e Funga (classificação atual, APG IV) |
notes |
o que aconteceu com o nome (veja abaixo) |
occurrence |
estados onde a espécie ocorre (BR-AM = Amazonas) |
establishment |
native (nativa), naturalized (naturalizada) ou cultivated (cultivada) |
domain |
domínios fitogeográficos (Amazônia, Cerrado, Mata Atlântica…) |
E o significado das notas:
| Nota | O que aconteceu | O que fazer |
|---|---|---|
| (vazia) | o nome está correto e é aceito | nada |
was misspelled |
o nome estava escrito errado e foi corrigido | conferir se a correção faz sentido |
replaced synonym |
o nome é sinônimo e foi trocado pelo aceito | usar o nome aceito |
was misspelled e replaced synonym juntas |
as duas coisas | usar o nome aceito |
not found |
o nome não foi encontrado | resolver na Flora e Funga (etapa 5) |
check ... |
há mais de um nome aceito possível, ou o status não está definido | resolver na Flora e Funga |
A coluna situação da aba 3_resultado junta tudo isso numa frase e pinta de vermelho os casos que precisam ir para a Flora e Funga e de amarelo os que mudaram ou merecem atenção. Use o filtro do cabeçalho para ver um caso de cada vez.
- Grafia corrigida: Eperua grabriflora → Eperua glabriflora; Lecythis graciena → Lecythis gracieana.
- Sinônimo substituído: Licania heteromorpha → Hymenopus heteromorphus; Tetragastris altissima → Protium altissimum; Cariniana decandra → Allantoma decandra.
- As duas coisas: Licaria cannela → Licaria crassifolia.
- Não encontrados: seis nomes de espécie, entre eles Aniba roseaodora e Ocotea cajumari. Esses são com você na etapa 5.
5. Resolva os problemas na Flora e Funga do Brasil
Os casos em vermelho e amarelo da coluna situação precisam de uma olhada na consulta pública da Flora e Funga do Brasil.
Como consultar: preencha Gênero e Espécie (sem autor) e clique em Consultar. Se não aparecer nada, preencha só o gênero: a Flora e Funga lista todos os nomes daquele gênero, aceitos e sinônimos, e fica fácil achar um epíteto escrito de outro jeito.
O que ler na ficha do nome:
- o status, logo abaixo do nome: Nome aceito, Sinônimo (e de qual nome aceito) ou Variante ortográfica;
- a Distribuição: Ocorrências confirmadas (por região e estado) e Domínios Fitogeográficos;
- a Origem: nativa, naturalizada ou cultivada.
Os casos mais comuns
Nome não encontrado no Plantminer. Em geral é um erro de grafia grande demais para a correção automática, ou um nome que entrou na Flora e Funga depois de 2024. Busque só pelo gênero e procure o epíteto parecido. Exemplo: Aniba roseaodora não foi encontrado no Plantminer; na Flora e Funga, a busca pelo gênero Aniba mostra Aniba rosaeodora Ducke como sinônimo (variante ortográfica) de Aniba rosodora Ducke, que é o nome aceito.
O nome não ocorre no Brasil. Se nem a busca pelo gênero mostrar o nome, ele pode ser de uma espécie que não ocorre no Brasil, ou o próprio gênero pode ter outra grafia. Confira em uma base mundial, como a World Flora Online ou o POWO, e anote a base usada. Uma espécie que não ocorre no Brasil numa lista da Amazônia Central é sinal de identificação a revisar, não só de nome a corrigir.
Sem ocorrência no resultado. Às vezes o Plantminer devolve o nome aceito, mas com as colunas de ocorrência vazias. Isso não quer dizer que a espécie não ocorre no Brasil. Exemplo: Protium polybotryum veio sem ocorrência no Plantminer, mas a Flora e Funga mostra ocorrências confirmadas no Amazonas e em outros estados da Região Norte.
Ocorre, mas não no Amazonas. A coluna ocorre no AM? avisa quando a espécie não tem registro no Amazonas. Exemplos desta lista: Xylopia brasiliensis e Sorocea guilleminiana, registradas só fora da Amazônia. O nome está correto; o que precisa ser revisto é a identificação: confira o material de herbário ou consulte um especialista. Cultivadas (cultivated) num levantamento de floresta nativa também merecem essa conferência.
Registre a decisão
Para cada linha, preencha as colunas amarelas da aba 3_resultado:
| Coluna | O que escrever |
|---|---|
nome_final |
o nome aceito, sem autor (se o Plantminer estiver certo, copie a coluna C) |
familia_final |
a família atual |
fonte |
Plantminer (Flora 2024), Flora e Funga do Brasil ou outra base |
data |
a data da consulta |
observação |
o que você decidiu e por quê (ex.: “variante ortográfica”; “confirmar identificação”) |
6. Feche a lista
Nomes repetidos. Depois da padronização, dois nomes diferentes da lista original podem virar o mesmo. Nesta lista, Eschweilera odora virou Eschweilera coriacea, que já estava na lista, e Mabea caudata virou Mabea speciosa, que também já estava. A coluna repetido? marca esses casos em vermelho. Numa lista de espécies, eles viram uma linha só; num inventário, os indivíduos passam a ser contados juntos.
Famílias que mudaram. Filtre mudou de família? = sim e compare as colunas A e E. Você vai ver, por exemplo, Caesalpiniaceae e Mimosaceae em Fabaceae, Cecropiaceae em Urticaceae e Bombacaceae, Sterculiaceae e Tiliaceae em Malvaceae: são mudanças do sistema de classificação (APG), não erros de quem fez a lista em 2004.
As perguntas da prática. A aba 4_resumo conta tudo sozinha: famílias, espécies, identificações até gênero ou família, cf. e aff. na lista original; e grafias corrigidas, sinônimos, não encontrados, mudanças de família e nomes repetidos depois da padronização.
- A planilha preenchida, com as colunas amarelas completas para todos os nomes com problema.
- Quantos nomes estavam com erro de grafia? Quantos eram sinônimos? Quantos não foram encontrados, e como você resolveu cada um?
- Quantas famílias tinha a lista em 2004 e quantas tem hoje? Quais famílias deixaram de existir e para onde foram os seus gêneros?
- Escolha um nome que ocorre fora do Amazonas e explique o que você faria para confirmar a identificação.
Boas práticas
- Confira os nomes antes de qualquer análise (riqueza, diversidade, fitossociologia).
- Guarde sempre a lista original: a padronizada fica ao lado, nunca por cima.
- Registre a base e a data da consulta: nomes mudam, e outra pessoa precisa conseguir refazer o seu trabalho.
- Quando as bases discordam, a decisão é taxonômica: consulte a literatura recente (revisões, monografias) e o especialista do grupo.
- Na escrita, gênero e epíteto em itálico; autor, cf., aff. e sp. em fonte normal (veja a rotina em R para mais detalhes).
Referências
- CARVALHO, G. H.; CIANCIARUSO, M. V.; BATALHA, M. A. 2010. Plantminer: a web tool for checking and gathering plant species taxonomic information. Environmental Modelling & Software 25: 815-816.
- FLORA E FUNGA DO BRASIL. Jardim Botânico do Rio de Janeiro. Disponível em: https://floradobrasil.jbrj.gov.br/.
- OLIVEIRA, A. N.; AMARAL, I. L. 2004. Florística e fitossociologia de uma floresta de vertente na Amazônia Central, Amazonas, Brasil. Acta Amazonica 34(1): 21-34.